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税收优惠：
1.对农民专业合作社销售农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品，免征增值税;
2.一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额;
3.对农民专业合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税。
用水用电优惠：
1.规模化生猪、蔬菜等生产的用水、用电与农业同价;
2.电力部门对粮食烘干机械用电按农业生产用电价格从低执行的政策。
国家补贴类政策
国家给予农村合作社的补贴政策有：土地流转补贴、贷款补贴、购农机补贴、种粮补贴、农资综合补贴、生猪标准化规模养殖场(小区)建设、农业保险补贴、粮食最低收购价政策、退耕还林补贴、草原生态保护补助等。具体项目的申报还要根据各省市的具体情况有些不同。全国很多地区对合作社土地流转有补贴，比如浙江新昌县对流转土地种植水稻20亩(蔬菜30亩、其他50亩)以上给予经营业主和流出户一次性奖励每亩150元。
降低合作社等申报主体成立时间和单个项目治理面积等“门槛”，简化项目申报程序;探索先建后补、以奖代补等多种扶持方式;对符合条件的新型农业经营主体，可按照谁申报、谁实施、谁管护的原则，将项目建设和管护权一并移交;扩大资金使用范围，财政资金除用于水电路等基础设施建设外，还可对育秧设施、粮食晾晒烘干设备、仓储物流、农机具库棚等配套设施进行适当补助;对用于高标准农田建设的贷款，中央财政予以贴息;拓宽融资渠道，除政策性银行外，把商业银行、农村信用社等金融机构贷款也纳入贴息范围。
涉农项目扶持类政策
一、专项扶持类方面
在专项扶持类方面，国家对农民专业合作社也有扶持。国家农发办在《关于开展新型农业经营主体申报实施农业综合开发高标准农田建设项目试点的意见》规定，积极支持新型农业经营主体申报实施高标准农田建设项目。单个项目申报实施面积，原则上农民合作社试点项目平原地区不低于500亩、丘陵山区不低于300亩，对农业综合开发土地治理项目，每亩土地财政资金补助不超过1500元/亩。
二、产业化项目扶持方面
在产业化项目的扶持方面，国家农发办68号文件对项目内容进行了明确规定，要求2016年国家农业综合开发产业化经营项目原则上要需符合《农业综合开发扶持农业优势特色产业规划(2016-2018年)》，主要包括：经济林及设施农业、畜禽水产养殖等种植养殖基地项目;粮油、果蔬、畜禽等农产品加工项目;农产品储藏保鲜、产地批发市场等流通设施项目。
三、农业综合开发方面
农业综合开发产业化经营项目包括财政补助项目和贷款贴息项目。财政补助资金使用范围依照《国家农业综合开发资金和项目管理办法》(财政部令第60号)有关规定执行。鼓励各地采取“先建后补”的管理方式。
农村合作社补贴金额与标准
不同经营主体补贴金额不同，对土地的亩数，种植/养殖的项目不同，补助的金额也不同。
1、一般补贴：今年的粮补、农资综合、良种进行整合，统一发放，平均补贴资金120元/亩。
2、规模经营补贴：如果是规模经营合作社。大户和家庭农场，地区不同补贴也不同，一般是在40-80元/亩。
3、农机补贴：农机补贴最高是5万元，100马力以上的大型机器等最高是15万元。
4、农业综合开发一般产业化经营项目：包括农产品、经济林、水产养殖、产品加工等，龙头企业项目补助100-300万元，农业合作社的是 50-150万元。
5、高标准的农田建设项目：包括土地平整，土壤改良，农田防护等一系列的工程内容，补贴金额没有明确规定。
【注】：在县内需达到的种粮面积：种粮农户30亩;土地股份合作社200亩;农民专业合作社和家庭农场300亩;农业产业化龙头企业等500亩才有政府补贴。